两人的观点尽管差异甚大，但论辩却是在平和的气氛中进行。康、朱最后一次论辩是在1894年7月间进行的，数日后，朱一新病逝。康有为曾作挽联和祭文悼念自己这位学术上的诤友。其联云：
永嘉先正尚有典型，惜徒闻柏府清霜，长留直笔；
鹅湖异同近将合并，最惊绝莲韬明月，忽碎寒潮。[68]
可见，在戊戌维新运动以前，今古文经学的对立与论争尚属于学术论争性质，还未演化成政治斗争。
中日甲午战争以后，新兴资产阶级登上政治斗争的舞台，掀起维新变法运动。康有为等维新派出于政治上的需要，用近代思想观点阐述今文，改塑孔子，对封建专制制度及旧的意识形态进行批判，也给今古文经之争带上政治斗争的性质。从此时至20世纪初，今古文经之争便与社会政治斗争密切联系起来，成为政治思想领域内斗争的一个组成部分。这种今古文经之争主要表现在两个不同的范围内：一是戊戌维新运动期间的今古文经之争，论争主要发生在维新派和守旧派之间；一是辛亥革命期间的今古文经之争，表现为保皇派和革命派之争的思想学术纷争。
晚清的维新变法运动在某种意义上可以说是在今文经学的名义下进行的。维新派把今文经学视为推行变法的思想理论基础，强调“发明经学”的重要现实意义。康有为的弟子欧榘甲说：“中国之坏，自人心始，人心之芜，自学术始，学术之谬，自六经不明始，六经不明，未有变法之方也；六经明则学术正，学术正则民智开，民智已开，人心自奋，热力大作，士气日昌，爱力相迸，国耻群励，以此凌厉九州可也，况变法乎？故谓今日欲救中国，宜大明孔子六经之义于天下。”[69]他强调的学术即是被康有为改造过的今文经学。在维新变法期间，康有为师徒对此不遗余力地大加宣传。康有为在1895年春的朝考卷上公开写道：“孔子改制，损益三代之法，立三正之义，明三统之道以待后王，犹虑三不足以穷万变，恐后王之泥之也。”[70]在《公车上书》《上海强学会章程》以及保国会《章程》里，他都强调尊今文，崇孔子，把孔学称为孔教，“用广大孔子之教为主”[71]。非但康有为如此，康门弟子亦追随乃师，鼓吹今文经学。梁启超在《时务报》所撰文中，说：“孔子之作《春秋》，治天下也，非治一国也；治万世也，非治一时也。故首张三世之义。”[72]他们把湖南时务学堂当成鼓吹变法改制的思想阵地，明确规定：“今设学之意，以宗法孔子为主义”，要学生考求西学及今文经学的“微言大义”，以期“他日诸生学成，尚当共矢宏愿，传孔子太平大同之教于万国。”[73]