日本曹洞宗创始人为道元禅师，尝从荣西弟子明全学禅，后入宋，于天童山曹洞宗如净禅师门下得法。返日后，创建永平寺，提倡只管打坐，是为“曹洞宗”[36]。1507年后，柏原安天皇敕额永平寺为曹洞宗的总本山。1589年，由莹山绍瑾所创的总持寺也被钦定为曹洞宗的总本山。因吸收民间流行的祈祷仪式，积极传教，曹洞宗因而大盛，成为日本最大宗派之一，有寺院一万四千七百余所。
黄檗宗与临济、曹洞合称日本禅门三足，系由明末中国僧人隐元隆琦融和禅净，成立于江户时代[37]。此宗以黄檗山万福寺为道场，历任住持皆为中国赴日弘化的高僧，近代才由日本僧人住持。万福寺乃中国式的建筑，道场以汉音诵经，法会与修行方式仍保留明代风格。此宗铁眼道光编《铁眼版大藏经》，对日本文化有极大的贡献。
五、净土宗
平安末期（12世纪），社会动荡不安，人民始有向往他方净土的思想产生[38]。空也于民间提倡念佛法门，以称念佛号为主，净土乃成为普遍信仰。空也之后，天台宗系的良忍创“融通念佛宗”，为净土信仰开辟新局。